Zero Hour cũng có 3 chiến dịch mới với 5 nhiệm vụ cho mỗi phe, với thứ tự thời gian là Hoa Kỳ trước tiên, GLA thứ hai, và Trung Quốc là cuối cùng. Không giống như phần chơi chiến dịch trước đó của Generals, do nhận được sự đóng góp của người hâm mộ dòng Command and Conquer về việc không có đoạn video cắt cảnh trong phiên bản gốc, chiến dịch của Zero Hour đã trở lại với truyền thống của dòng game, mỗi nhiệm vụ đều được hiển thị cảnh phóng viên tin tức của các phe thông báo chi tiết về tình hình của nhiệm vụ hiện tại. Những cốt truyện đằng sau các nhiệm vụ trong phần chơi chiến dịch của Zero Hour dược bắt đầu tại phần cuối của các chiến dịch trước đó.

Hoa Kỳ

Vào đầu chiến dịch Hoa Kỳ, Global Liberation Army (GLA) sử dụng trạm phóng tên lửa Soyuz ở sân bay vũ trụ Baikonur, Kazakhstan để bắn một tên lửa mang một loại vũ khí sinh học vào một căn cứ quân sự Hoa Kỳ nằm ở Bắc Âu. Quân đội Hoa Kỳ trả đũa một cách nhanh chóng bằng việc phá hủy bệ phóng, trước khi GLA có thể bắn một quả tên lửa khác. Sau đó khi giúp đỡ Liên Hợp Quốc viện trợ cho Mogadishu với sự hỗ trợ của lực lượng đặc nhiệm từ tàu sân bay, người Mỹ phát hiện ra một tài liệu nói về một phòng thí nghiệm sinh học bí mật của GLA ở Nga. Black Lotus của Trung Quốc và Đại tá Burton của Hoa kỳ do đó đến khu vực này và tiêu diệt được phòng thí nghiệm. Khi chiến dịch tiếp tục, Hoa Kỳ biết rằng một tướng GLA có mật danh là "Tiến sĩ Thrax" đang phát triển một loại chất gây tử vong mạnh hơn bệnh than được gọi là "Anthrax Gamma". Hoa Kỳ do đó đã cắt đứt nguồn vốn của Thrax được đến từ mỏ dầu ở Iran và khi Hoa Kỳ xác định được căn cứ của Thrax, họ phát hiện ra rằng ông ta đang có kế hoạch phóng một số tên lửa mang chất độc này vào các thành phố ở Mỹ. Một cuộc tấn công nhanh chóng của quân đội Hoa Kỳ, với sự giúp đỡ của lực lượng GLA nổi dậy đã thành công trong việc ngăn ngừa việc phóng, và mang đến sự kết thúc cho "Tiến sĩ Thrax".

GLA

Trong chiến dịch GLA, mặc dù thất vọng bởi cái chết của Tiến sĩ Thrax nhưng GLA nhận được sự hỗ trợ về tinh thần với việc bổ nhiệm thành công nhà lãnh đạo mới của họ, Tướng Mohmar "Deathstrike". Những nỗ lực đầu tiên của GLA trong việc thống nhất lực lượng theo lệnh của Deathstrike là thành công trong việc loại trừ lực lượng đào ngũ của Prince Kassad ở Ai Cập cũng như ăn cắp vũ khí cao cấp của Kassad, và sau đó bắt đầu một nhiệm vụ buộc người Mỹ rút khỏi châu Âu. Mặc dù thiếu thốn về công nghệ, GLA đã thành công trong việc gây ra những tổn hại to lớn cho người Mỹ, bằng cách chiếm siêu vũ khí "Particle Uplink Cannon" của Hoa Kỳ ở Hy Lạp và sử dụng nó để tiêu diệt tàu sân bay USS Ronald Reagan (cắt con tàu ra làm đôi) và xâm nhập bờ Tây nước Mỹ để ăn cắp chất độc từ một nhà máy hóa chất. Điều này đạt đến đỉnh cao khi GLA chiếm trung tâm chỉ huy của Mỹ tại châu Âu ở Stuttgart-Vaihingen, bằng việc sử dụng vũ khí Trung Quốc chiếm được. Mục tiêu chính của GLA đã hoàn thành, họ bây giờ bắt đầu thâm nhập vào châu Âu và tạo một nhà nước mới.

Trung Quốc

Trong chiến dịch Trung Quốc, Quân đội Giải phóng Nhân dân Trung Quốc gửi quân đội của họ vào châu Âu để thay thế Hoa Kỳ và trả đũa việc GLA sử dụng công nghệ của Trung Quốc trong việc chiếm các căn cứ quân sự của Đức. Để ngăn chặn GLA sử dụng các vũ khí tiên tiến của Hoa Kỳ, Trung Quốc phóng một tên lửa hạt nhân vào Stuttgart-Vaihingen, phá hủy nó, và sau đó gửi quân của họ vào Đức, nơi những kẻ xâm lược GLA đang tập trung. GLA trả đũa bằng cách tấn công một nhà máy điện hạt nhân nhưng lực lượng Trung Quốc giữ vị trí của mình cho đến khi quân tiếp viện đến và khởi động một cuộc phản công tiêu diệt GLA. Sau đó Trung Quốc giải phóng một thị trấn bị áp bức bởi GLA, khiến dư luận quốc tế ủng hộ Trung Quốc tăng vọt và khiến GLA buộc phải rút lui, nhưng bị đánh chặn bởi Trung Quốc. Trước nguy cơ bị đánh bại, lực lượng GLA còn sót lại chiếm một căn cứ quân sự mà Hoa Kỳ dùng để sơ tán và sử dụng công nghệ Hoa Kỳ để chống lại quân đội Trung Quốc nhưng Trung Quốc vẫn thành công trong việc phá hủy căn cứ GLA và căn cứ Mỹ bị chiếm, và loại trừ hoàn toàn GLA ra khỏi tầm ảnh hưởng của họ ở châu Âu. Với việc thành lập Liên đoàn Đoàn kết Á-Âu (Eurasian Unity League) với châu Âu vừa được giải phóng, cả thế giới trông đợi vào một kỷ nguyên mới nằm dưới sự lãnh đạo của Trung Quốc.